نخستین اقدام جدی در حفظ یک اثر تاریخی فرهنگی، بررسی، پژوهش اولیه وثبت آن در «فهرست آثار ملی»است.ثبت مشخصات یک اثر در فهرست آثار ملی بدین منظور صورت می گیرد که امر حفاظت قانونی از آن اثر برای مسئولین امر میسر گردد. این امر وظیفه خطیری است که در جوامع امروزی بعهده دولت ها نهاده شده است. هنگامی که یک اثر به ثبت ملی می رسد، بدین معنی است که از این پس بین دولت وآحاد افراد جامعه و آن اثر تاریخی قوانین و مقررات ویژه ای حاکم است وروابط همگان با آن اثر تاریخی بوسیله قانون تنظیم و تعریف می شود. آثار تاریخی پس از ثبت ملی، در پناه قانون قرار گرفته و مورد حمایت واقع می شوند و این آغاز دمیدن روحی تازه در کالبد آنهاست.
آثار ثبت ملی شده موزه ملی قرآن کریم در سالن منفی 2 و تعداد 16 اثر می باشد و به صورت یک نمایشگاه دائمی پذیرای علاقمندان ،دانشجویان و هنردوستان قرآنی می باشد.